O jovem Marquinhos teve uma noite dos sonhos na vitória contra o Racing, em pleno El Cilindro, pelas oitavas de final da Libertadores. O ponta, de apenas 18 anos, além de fazer sua estreia como titular, participou da jogada do 1º gol, fez o 2º e deu a assistência para o 3º e ainda quebrou uma marca tricolor.
Aos 18 anos, 4 meses e 13 dias, Marquinhos se tornou o atleta mais jovem a marcar um gol, pelo São Paulo, na Libertadores. Ele ultrapassou Ademilson, que fez um gol na fase de grupos da Libertadores de 2013, na vitória por 2 a 0 sobre o Atlético-MG. O Pequenino, como era chamado no São Paulo, tinha 19 anos, 1 mês e 22 dias ao também fazer o 2º gol de uma vitória em Libertadores.
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Monitorado pelo São Paulo desde os oito anos de idade, Marquinhos chegou efetivamente no clube no sub-13, depois de ter sido um dos grandes destaques do Taboão da Serra. Atuando pelo sub-11 do CATS, como a equipe da grande São Paulo é conhecida, o ponta marcou 12 gols em 15 jogos. Antes, havia sido campeão da Taça Cidade de São Paulo pelo Embuense, com direito a hat-trick na final da competição.
Em todo esse tempo, foi monitorado de perto pelo São Paulo e parte integrante das escolinhas e dos laboratórios que o tricolor faz em Cotia, com semanas de treinamento para observação de novos talentos, mas não deixou de atuar em outros clubes, inclusive no futsal, onde também foi destaque pelas equipes da Grande SP.
Pelo São Paulo, Marquinhos repetiu o sucesso e foi artilheiro do time no sub-13 e no sub-15, inclusive marcando 28 gols em apenas 8 jogos em um torneio sub-13 na China. Porém, no sub-17, mostrando muito mais maturidade e grande evolução tática e física, foi um jogador que atuou pelo coletivo e peça essencial nas conquistas do time, que foi campeão da Copa do Brasil e da Supercopa da categoria.
No sub-20 Marquinhos teve passagem meteórica com Alex. Ele estreou marcando o gol da vitória contra o Athletico-PR, na partida seguinte, deu duas assistências e fez mais um gol, para garantir a vitória contra o América-MG. Só houve tempo para mais uma atuação, na quarta rodada Alex já não tinha mais um dos seus principais jogadores, que foi promovido por Crespo.
Com Hernán Crespo, Marquinhos fez apenas um jogo como titular, mas tem participação direta em quatro gols do São Paulo. Além do jogo contra o Racing, o ponta também fez parte da jogada do gol da vitória contra o Bahia, no Morumbi.
