A temporada de 2021 pode ser caracterizada como irregular para o alvinegro campineiro, que contou com três torneios disputados: Campeonato Paulista A1, Copa do Brasil e Série B do Campeonato Brasileiro.
No começo da temporada, na competição estadual, a Macaca lutou contra o rebaixamento, mas conquistou 13 pontos, ficou em 3º lugar do Grupo B, na 1ª fase do campeonato, e, com isso, conseguiu a permanência na primeira divisão do Campeonato Paulista. Com os resultados, a Ponte não avançou às quartas de final, junto com o São Bento (4º), que ficou em último no grupo, e as vagas foram alcançadas por São Paulo (1º) e Ferroviária (2º).
Na disputa do Troféu do Interior, a Ponte Preta perdeu a final para o Grêmio Novorizontino, por 2 a 0, e ficou com o 2º lugar no torneio estadual.
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A Macaca também participou da Copa do Brasil de 2021. Na 1ª fase, a equipe enfrentou o Gama e saiu vitoriosa, com um placar de 2 a 1 em jogo único. Entretanto, na etapa seguinte, a Ponte foi eliminada pelo Criciúma nas penalidades, por 5 a 4, após a igualdade por 1 a 1 no tempo normal.
Após o fim da competição estadual, chegou a vez da Série B do Campeonato Brasileiro de 2021 ser disputada. Novamente, a Ponte Preta teve um desempenho irregular, brigou para não cair de divisão ao longo do torneio, mas conseguiu assegurar a permanência. A equipe ficou na 11ª colocação, com 49 pontos conquistados, contabilizando 12 vitórias, 13 empates e 13 derrotas, o que totalizou 43% de aproveitamento.
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Ao todo, na temporada de 2021, a Ponte Preta disputou 55 jogos, somando 17 vitórias, 17 empates e 21 derrotas. Além disso, a equipe marcou 56 tentos e sofreu 61 gols.
O elenco e comissão técnica da Macaca voltarão aos trabalhos em janeiro, para a realização da pré-temporada, com o intuito de preparar a equipe para a temporada de 2022. O principal objetivo é ter uma temporada melhor, sem sufocos, e brigar pelo acesso à elite nacional do futebol brasileiro.